Dikisahkan seorang murid bernama Izuku Midoriya yang biasa dipanggil Deku yang bercita cita untuk menjadi seorang pahlawan super walau dia tidak punya quirk ( Quirk : Kekuatan Super) dan pada akhirnya mendapatkan kekuatannya pada saat ia diwariskan kekuatan One For All oleh mantan pahlawan nomor satu yang dimana dia juga menjadi guru di sekolah UA Highschool tempat Deku belajar dan berjuang untuk menggapai mimpinya untuk menjadi pahlawan nomor 1.

Di awal film kita dapat melihat terjadinya pengejaran antara League of Heroes dan League of Villain yang membawa suatu spesimen berbahaya bernama "Nine" yang dimana "Nine" ini akan menjadi karakter antagonis utama yang akan melawan karakter protagonis utama kita,League of Heroes di pimpin oleh Hero nomor 1 baru bernama Endeavor yang menggantikan All Might sang pahlawan legendaris nomor 1 sebelum Endeavor,League of Heroes memperoleh kemenangan walau Nine dan League of Villain kabur dari pengejaran.

Film dimulai dengan seorang siswa bernama Izuku Midoriya yang selalu di panggil Deku yang tidak mempunyai kekuatan sebagai tokoh utama kita yang melakukan field trip bersama teman temannya murid kelas 1A dari UA Highschool ke Nabu Island sebagai tugas project mereka untuk menjadi pahlawan sementara disana,Deku berserta teman temannya sungguh senang membantu para penduduk dari Nabu Island dan disana Deku juga bertemu dua karakter baru bernama Katsuma dan Mahoro,Katsuma mempunyai quirk bernama Cell Healing dan Mahoro mempunyai quirk Hologram,Katsuma sangat mengidolakan superhero sedangkan Mahoro mempunyai kebencian terhadap pahlawan super karena sikap kurang disiplinnya setiap pahlawan yang ia pikir keren.

Cerita berlanjut ketika sang villain utama bernama Nine ini menyerap kekuatan sang ayah Mahoro dan Katsuma yang sedang bekerja di luar kota...oh ya hampir lupa Nine memiliki quirk yang dapat menyerap atau mencuri quirk orang lain yang biasa di sebut All For One,Nine juga memiliki 3 temannya yang akan membantu rencana jahat Nine untuk mengubah dunia yang awalnya ia anggap lemah menjadi dunia yang dimana hanya ada orang yang kuat saja yang bisa bertahan,tiga temannya ini bernama Kiruka Hasaki yang memiliki Quirk bernama Slice,Chojuro Kon yang memilki quirk bernama Chimaera dan Koyo Makihara yang memilki Quirk Mummy.

Penyerangan masih terus berlanjut di Pulau Nabu yang dimana Nine mengincar Katsuma yang dimana ia mempunya quirk bernama Cell Activation yang dimana ia bisa menyembuhkan luka dan cell-cell tubuh yang rusak secara cepat,maka dari itu Nine mengincar quirk itu dan menjadikannya quirk terakhir yang ia miliki,Nine mengincar Katsuma yang dimana Katsuma sedang di lindungi oleh Deku,Deku bertarung mati matian melawan Nine dan semua serangan yang Deku luncurkan sia sia,Deku pun sekarat dan dia hanya seorang diri yang melawan Nine,Deku melawan Nine,sedangkan teman temannya melawan ketiga teman dari Nine dan mereka pun juga kewalahan saat melawan mereka semua dan Deku pun hampir saja mati karena Bakugo yaitu salah satu temannya yang selalu membully nya akhirnya membantunya melawan Nine.Nine memiliki tingkat quirk yang lebih tinggi dari mereka dibanding Deku dan kawan kawannya.

Akibat dari penyerangan yang terus berlanjut itu seluruh pulau menjadi zona berbahaya bagi mereka dan tidak ada yang bisa dilakukan lagi selain mengungsi dan menunggu keadaan cepat berlalu,Deku dan Bakugo yang sekarat pun akhirnya di rawat ditempat pengungsian dan pada akhirnya Katsuma pun bersikeras untuk menyembuhkan merek berdua,Katsuma pun dengan memberanikan dirinya menyatakan bahwa ia ingin menjadi seorang pahlawan sama seperti Deku dan lainnya namun ia memiliki keraguan akan Quirknya dan Deku pun berkata "Apapun kekuatan yang kamu punyai kamu masih bisa selalu menjadi pahlwan,karena sesungguhnya pahlawan itu bukan berasal dari kekuatan apa yang kamu miliki melainkan dari hati mu sendiri".

Lalu bagaimana kelanjutannya?

Apakah Deku dan Katsuma serta Mahoro selamat?

Apakah Deku akan memenangkan pertarungannya terhadap Nine?

Apakah Deku akan selamat?

Simak kelanjutannya di Film My Hero Academia : Heroes Rising ini